On en connait peu sur le passé de Shino, hormis qu'il appartient au clan Aburame et que son père, qui apparaît au chapitre 137, se nomme Shibi Aburame. Aux côtés de Kiba Inuzuka et Hinata Hyûga, il fait partie l'équipe numéro 8 dont le sensei est Kurenai Yûhi. Il apparaît pour la première fois lors de la première épreuve de l'examen Chuunin, où il se sert de l'un de ses insectes afin de tricher sans se faire repérer des examinateurs. Au cours de la deuxième épreuve, c'est sans doute lui qui élabore le piège aux sangsues volantes que lui et son équipe tendent à une équipe rivale de ninjas de Konoha, ce qui leur permet de se qualifier facilement pour la troisième et dernière épreuve.

C'est au cours du tour préliminaire de l'ultime épreuve de l'examen qu'on le voit combattre pour la première fois. Il affronte alors un ninja du village d'Oto nommé Zaku Abumi, qui a pour particularité de combattre à l'aide de tuyaux implantés dans ses bras, ce qui lui permet de contrôler les ondes supersoniques et la pression de l'air. Shino remporte le combat assez facilement après avoir fait exploser les deux bras de son adversaire en obstruant ses tuyaux avec des insectes. Ce premier combat nous éclaire sur ses qualités de stratège, sa confiance en lui-même et sa maîtrise de soi.

Au chapitre 125, Shino affronte Kankurô, qui aurait dû être son adversaire lors de la phase finale de l'examen Chuunin, afin de permettre à Sasuke de poursuivre Gaara. Le combat est cette fois-ci plus difficile pour Shino, qui parvient néanmoins à vaincre son adversaire. Affaibli par le poison exhalé par la marionnette de Kankurô, il est cependant incapable de rejoindre Sasuke et s'effondre épuisé. Il sera finalement soigné par son père, qui se servira de ses insectes afin de le débarrasser du poison. Au cours de ce combat, on apprend que Shino ne sous-estime jamais son adversaire. Il a également pour habitude de se battre avec toutes ses forces, et ce quel que soit son ennemi. Cet état d'esprit semble être un trait caractéristique des membres du clan Aburame.

Dans la saison 2, Shino est choisi pour faire partie de l'équipe Kakashi, afin de traquer Itachi Uchiwa. Au cours de cette mission, il effectue une nouvelle technique pour attraper Tobi, mais sans succès car ce dernier, apparemment mis en danger, se téléporte. Lors de l'attaque de Konoha par Pain, on voit Shino, son père, ainsi qu'une femme et un homme inconnus appartenant au clan Aburame (probablement sa mère et son frère), sauver un ninja de Konoha des griffes de Konan, et lui faire face. On découvre alors que tout les Aburame sont habillés de la même façon.