C'est au cours du tour préliminaire de l'ultime épreuve de l'examen qu'on le voit combattre pour la première fois. Il affronte alors un ninja du village d'Oto nommé Zaku Abumi, qui a pour particularité de combattre à l'aide de tuyaux implantés dans ses bras, ce qui lui permet de contrôler les ondes supersoniques et la pression de l'air. Shino remporte le combat assez facilement après avoir fait exploser les deux bras de son adversaire en obstruant ses tuyaux avec des insectes. Ce premier combat nous éclaire sur ses qualités de stratège, sa confiance en lui-même et sa maîtrise de soi.

Au chapitre 125, Shino affronte Kankurô, qui aurait dû être son adversaire lors de la phase finale de l'examen Chuunin, afin de permettre à Sasuke de poursuivre Gaara. Le combat est cette fois-ci plus difficile pour Shino, qui parvient néanmoins à vaincre son adversaire. Affaibli par le poison exhalé par la marionnette de Kankurô, il est cependant incapable de rejoindre Sasuke et s'effondre épuisé. Il sera finalement soigné par son père, qui se servira de ses insectes afin de le débarrasser du poison. Au cours de ce combat, on apprend que Shino ne sous-estime jamais son adversaire. Il a également pour habitude de se battre avec toutes ses forces, et ce quel que soit son ennemi. Cet état d'esprit semble être un trait caractéristique des membres du clan Aburame.

Dans la saison 2, Shino est choisi pour faire partie de l'équipe Kakashi, afin de traquer Itachi Uchiwa. Au cours de cette mission, il effectue une nouvelle technique pour attraper Tobi, mais sans succès car ce dernier, apparemment mis en danger, se téléporte. Lors de l'attaque de Konoha par Pain, on voit Shino, son père, ainsi qu'une femme et un homme inconnus appartenant au clan Aburame (probablement sa mère et son frère), sauver un ninja de Konoha des griffes de Konan, et lui faire face. On découvre alors que tout les Aburame sont habillés de la même façon.

Il est connu depuis le chapitre 254 (tome 29), où il attendait Deidara et Sasori, mais on ne le voit pour la première fois que dans le tome 40, sous l'apparence d'un jeune homme aux cheveux roux. Ce corps est le corps principal dont il se sert pour ses relations avec l'Akatsuki, mais cinq autres corps sont en « sommeil » et peuvent être utilisés pour le combat. Les six corps gardent en commun des sortes de piercings noirs sur le visage et le reste du corps (ces piercings étant des récepteurs de Chakra servant à la manipulation du corps), et des yeux particuliers avec une pupille et quatre cercles concentriques, le Rinnegan ; ils partagent la même vision, couvrant mutuellement lors des combats leurs angles morts.

Les six corps composant Pain sont contrôlés à distance par Nagato^[2] ; c'est un homme aux longs cheveux rouges (comme lorsqu'il était enfant) encadrant un visage pointu. Il est connecté, par des câbles fixés sur deux coques dans lesquelles sont logés ses bras, à une grosse machine de forme arachnéenne, son seul moyen de se déplacer. Il est en effet complètement décharné, et n'a, littéralement, que la peau sur les os. Dans son dos est également fichée une batterie de tubules noirs (dont un énorme lui transperçant le dos au niveau de la colonne vertébrale) lui servant d'antennes pour transmettre son Chakra à ses corps.^[3]

Le corps Jigokudô (« Royaume de l'horreur ») est capable d'invoquer un monstre avec des flammes noires, sortant du sol. Ce monstre possède aussi le Rinnegan, et de sa bouche peuvent sortir des bras visqueux qui prennent la vie de ses victimes lors d'une sorte de « jugement de Dieu » (l'âme de ceux qui mentent est aspirée dans la bouche du monstre). Ce monstre est également capable de ressusciter les corps de Pain. Ce monstre est visible lorsqu'il remet en état les corps ou quand l'ennemi est attrapé par Jigokudô, sinon, il est invisible aux yeux des autres ninjas.

Des années plus tard, elle le revoit de nouveau, mais cette fois pour l'affronter en tant qu'adversaire.

Elle s'est battue à Konoha contre Shino Aburame et trois membres de la famille de ce dernier. Les insectes de la famille Aburame étant dévoreurs de chakra, ils peuvent ainsi manger les feuilles de papier parcourues de chakra de Konan.

Plus tard, elle rejoint Nagato dans leur cachette. Ils firent vite la rencontre de Naruto, décidé à en finir avec Nagato. Lorsque Naruto tenta une attaque sur son ami d'enfance, elle n'hésita pas à s'interposer entre lui et le jinchuriki de Kyûbi.

A la mort de Nagato (dans le chapitre 449), elle quitte l'Akatsuki et rejoint Ame en rapportant les corps de Nagato et Yahiko à leur village. Elle déclare également à Naruto que le village d'Amegakure sera à ses côtés pour réaliser ses rêves, et lui offre un bouquet de roses en papier, en espérant qu'il apportera l'espoir.